As linhas de pesquisa conduzidas atualmente pelo Professor Hugo da Gama Cerqueira dividem-se entre os temas da economia e da ética no Iluminismo escocês e da crítica da economia política de Karl Marx.
Na primeira linha, os trabalhos remontam ao período de seu doutoramento, quando investigou a natureza das relações entre a filosofia moral e a economia política de Adam Smith. Esta pesquisa desdobrou-se, posteriormente, para alcançar outros iluministas escoceses, como Hume, e resultou na publicação de artigos e na orientação de monografias e dissertações de estudantes que integraram o grupo de pesquisa em Metodologia e História do Pensamento Econômico.
A segunda linha, mais recente, envolve a pesquisa de alguns manuscritos inéditos de Marx, trabalho desenvolvido no âmbito do grupo de pesquisa em Economia Política Contemporânea. Simultaneamente, busca-se uma análise histórica dos processos de edição e recepção dos textos de Marx, de modo a compreender o contexto, os interesses e os princípios que nortearam a publicação de seus manuscritos e a reedição de seus textos, e assim iluminar as circunstâncias associadas à recepção e interpretação de sua obra.
Recentemente, esta linha de pesquisa tem se estendido à investigação da obra de dois intérpretes destacados do pensamento de Marx no campo da crítica da economia política: Isaak Rubin e Rosa Luxemburg.
Alguns resultados do desenvolvimento destas linhas de pesquisa podem ser conferidos na forma de publicações acadêmicas.